Stage BAC+5 - Data Science - Amélioration d'un outil de détection de plasmides - F/H/D

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 60 ans, bioMérieux offre des solutions de diagnostic qui déterminent l’origine d’une maladie ou d’une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

Rejoindre bioMérieux, c’est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.

Chaque stagiaire ou alternant est accompagné par un tuteur expérimenté et formé. Il ou elle bénéficie d’un suivi et d’une évaluation l’aidant à progresser et à se préparer à la vie professionnelle.

Objectif

Les plasmides sont des éléments génétiques mobiles qui jouent un rôle important dans les capacités d’adaptations des bactéries. Ils représentent un vecteur clé de transferts horizontaux de matériel génétique. Leur étude par séquençage est par conséquent importante et leur distinction de la partie chromosomique d’un génome bactérien peut s’avérer difficile. Notre équipe travaille au développement de solutions de diagnostic innovantes, basées sur les technologies de séquençage haut débit (short et long reads) et, dans le cadre d’une solution d’épidémiologie, l’annotation du contenu séquencé en chromosome ou plasmide doit être réalisée de la manière la plus précise possible

Quelle est votre mission chez bioMérieux?

L’objectif de ce stage est de contribuer à l’amélioration de l’annotation du contenu séquencé en plasmide en utilisant des méthodes à l’état de l’art. Les séquences plasmidiques présentent des spécificités : origine de réplication, éléments impliqués dans la mobilité, éléments transposables, séquences d’intégration. En fonction d’une espèce donnée, certaines spécificités peuvent être bien décrites, d’autres peu ou pas encore explorées. Pour améliorer l’annotation du contenu en plasmide, ces spécificités devront être étudiées pour une dizaine d’espèces, caractérisées et évaluées sur des jeux de données existants ou à définir.

Mots-clés : plasmide ; séquençage haut débit ; annotation de séquence ; génomique bactérienne ; épidémiologie

Qui êtes-vous?

• Vous êtes actuellement en dernière année de cycle ingénieur et préparez votre diplôme de niveau BAC+5, avec une spécialisation en Data Science ou en bioinformatique

Vos compétences:

• Bonnes connaissances des méthodes d’analyses génomiques ou metagénomiques :
  • alignements et traitement des données alignées : blast, diamond, mummer, samtools, bcftools, hmmer, …
  • distance / containment : minhash, jaccard, …
• Bonnes connaissances des langages scripts Python + librairies, bash et des environnement linux
• Bonnes connaissances des bases de données usuelles en bioinformatique : refseq, genbank, uniprot, pfam, …
• Capacité à lire des publications scientifiques écrites en anglais
• Des connaissances en génomique bactérienne incluant des connaissances sur les plasmides, en bases de plasmides (PLSDB, …), en méthodes d’assemblages de génomes bactériens, sur Docker, sur des outils DevOps (CI/CD) ou encore sur le travail avec une grille de calculs sont fortement appréciées
• Votre sens de l'autonomie, de la rigueur et votre curiosité scientifique vous permettent de mener avec réussite les missions qui vous sont confiées
• Vous faites preuve d'aisance relationnelle et d'un sens de la communication vous permettant de travailler au sein d'un environnement pluridisciplinaire et international 

Ce stage est prévu pour une durée de 6 mois. Ce stage est basé à Marcy L’Etoile, site accessible en transports en commun via la ligne de bus 98 ou 98E de Gorge de Loup.

La gratification mensuelle pour un stagiaire est attribuée dès un mois de présence.

Le montant de la gratification dépend du niveau de formation de l’étudiant et est supérieure au minimum légal.

 Les + :
• Restaurant d’entreprise avec participation de l’employeur.
• Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité de transport.
• Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy et La Balme.

bioMérieux s'engage à éviter toute discrimination et à traiter tous les candidats de manière équitable sans distinction d'origine, de sexe, d'âge, de caractéristiques physiques, d'origine sociale, de handicap, d'appartenance syndicale, de religion, de situation familiale, de grossesse, d'orientation sexuelle, d'identité de genre, d'expression de genre ou de tout autre critère illégal selon la loi applicable.

*F/H/D : Femme/Homme/Diversité :  bioMérieux s'engage à promouvoir l'égalité des chances en matière d’emploi.