Alternance BAC+5 - Interopérabilité de bases de données patients

Acteur mondial dans le domaine du diagnostic in vitro depuis plus de 60 ans, bioMérieux offre des solutions de diagnostic qui déterminent l’origine d’une maladie ou d’une contamination pour améliorer la santé des patients et assurer la sécurité des consommateurs.

Rejoindre bioMérieux, c’est choisir une société familiale et humaniste, portée par une vision long terme, au service de la santé publique dans le monde.

 

Le Laboratoire Commun de Recherche (LCR) Hospices Civils de Lyon – bioMérieux, situé à l’Hôpital Édouard Herriot, est un laboratoire collaboratif dédié à l’innovation en santé. Les projets du LCR portent sur la compréhension des mécanismes physiopathologiques liés aux maladies infectieuses et aux soins critiques, le développement de biomarqueurs, et l’exploitation de données cliniques pour améliorer la prise en charge des patients.

Dans ce cadre, un pilier de recherche s’est structuré autour de l’exploitation des dossiers patients électroniques (EHR) pour (i) l’IA prédictive (détection précoce d’aggravation, orientation, aide au diagnostic) et (ii) des analyses épidémiologiques (fréquence, facteurs associés, parcours de soin, outcomes).

Problématique : les EHR sont hétérogènes d’une base à l’autre (structure, codages, unités, temporalité, complétude), ce qui freine la reproductibilité des analyses et la généralisation des modèles d’IA. Pour pallier ce problème, une solution évidente est de mapper les données de ces EHR hétérogènes vers un format commun dit interopérable.

L’alternant(e) rejoindra une équipe de recherche pluridisciplinaire (biologistes, médecins, data scientists, techniciens, …) et travaillera au quotidien avec un doctorant et un ingénieur data scientists spécialisés dans le domaine des EHR et de leur analyse par IA.

Rendre interopérables plusieurs EHR en mappant leurs données vers un format commun interopérable, puis démontrer la faisabilité via une preuve de concept sur un cas d’usage IA/statistique en lien avec les travaux de l’équipe.

Quelle est votre mission chez bioMérieux ? 

1. Prise en main des bases & du format cible (comprendre la structure, les variables clés et la temporalité des bases, échanges avec les membres de l’équipe pour cadrer besoins et contraintes)
2. Mapping vers un format interopérable : définir et implémenter le mapping + documenter les règles, choix et dictionnaires (traçabilité et réutilisabilité).
3. Preuve de concept sur un use case IA / statistiques : valider le mapping sur un cas d’usage concret de l’équipe (résultats descriptifs/épidémiologie et/ou prototype IA) et identifier les points d’attention qualité/comparabilité.
4. Participer à la valorisation des travaux par un article scientifique.

Qui êtes-vous ? 

• Vous préparez un Master 2 en santé publique, biostatistique, data science ou informatique appliquée à la santé.

• Vous maîtrisez SQL ainsi que des langages de programmation tels que Python et/ou R.

• Vous portez un intérêt pour la recherche sur données hospitalières et les applications de l’intelligence artificielle dans le domaine de la santé, avec une forte rigueur méthodologique.

• Vous faites preuve d’autonomie, de rigueur et de curiosité scientifique dans la conduite de vos travaux.

• Vous appréciez le travail en équipe et savez vulgariser et communiquer des résultats scientifiques de manière claire.

• Vous disposez d’un bon niveau d’anglais à l’écrit comme à l’oral.

• Durée : 1 an
• Lieu : LCR HCL – bioMérieux, Hôpital Édouard Herriot (Lyon)
• Début souhaité : 07/09/2026

Tout au long de votre alternance chez bioMérieux, vous évoluerez au sein d’équipes bienveillantes et serez accompagné(e) par des professionnels experts dans leur domaine. Vous bénéficierez d’un suivi personnalisé vous permettant de développer vos compétences humaines et professionnelles, des atouts indispensables pour réussir votre carrière professionnelle.   

Processus de recrutement : un premier contact téléphonique ou vidéo avec notre équipe recrutement puis un entretien avec le manager ou tuteur et un dernier entretien avec l’équipe recrutement.

Package de rémunération :

• Rémunération sur 13 mois calculée sur la convention collective en fonction du type de contrat d'alternance, du niveau d'études et de l’âge de l’étudiant,
• Prime d’ancienneté,
• Intéressement (sous condition d’éligibilité),
• Mutuelle obligatoire et avantageuse.  

Organisation du Travail :

• Accord de télétravail (sous condition d’éligibilité),
• 25 jours de congés payés sur 12 mois.

Environnement de Travail :

• Restaurant d'entreprise avec la participation de l’employeur ou ticket restaurant selon le site,
• Remboursement de 100 % de l’abonnement de transports en commun ou indemnité kilométrique.

Les + bioMérieux :

• Partenariat avec Action Logement (1% Logement),
• Accès aux avantages du Comité d'Entreprise,
• Accès aux services de la Conciergerie sur les sites de Craponne, Marcy, La Balme et Grenoble,
• Aménagements proposés aux salariés bénéficiant d’une RQTH (reconnaissance de la qualité de travailleur handicapé).

bioMérieux s'engage à éviter toute discrimination et à traiter tous les candidats de manière équitable sans distinction d'origine, de sexe, d'âge, de caractéristiques physiques, d'origine sociale, de handicap, d'appartenance syndicale, de religion, de situation familiale, de grossesse, d'orientation sexuelle, d'identité de genre, d'expression de genre ou de tout autre critère illégal selon la loi applicable.

*F/H/D : Femme/Homme/Diversité :  bioMérieux s'engage à promouvoir l'égalité des chances en matière d’emploi.