bioMérieux S.A. 

Stage 6 mois BAC+5 - bioinformatique F/H/D 

Le Laboratoire Commun de Recherche (LCR) Hospices Civils de Lyon – bioMérieux, situé à l’Hôpital Édouard Herriot, est un laboratoire collaboratif dédié à l’innovation en santé. Les projets du LCR portent sur la compréhension des mécanismes physiopathologiques liés aux maladies infectieuses et aux soins critiques, le développement de biomarqueurs, et l’exploration de nouvelles approches d’analyse biologique pour améliorer la prise en charge des patients.
Dans ce cadre, un pilier de recherche s’est structuré autour de l’analyse de l’ADN libre circulant (cfDNA) présent dans le sang qu’il soit d’origine humaine ou microbienne. Les technologies de séquençage permettent aujourd’hui d’explorer non seulement la séquence de cet ADN, mais également son profil de méthylation.

L’exploitation de ces données représente un défi bioinformatique important, nécessitant le développement de méthodes d’analyse adaptées aux technologies de séquençage de troisième génération.

Objectif du stage :

Développer des méthodes et outils bioinformatiques pour l’analyse des profils de méthylation du cfDNA à partir de données de séquençage. Les travaux porteront sur le traitement des données brutes, l’analyse du signal de séquençage pour étudier la méthylation, l’évaluation de différentes approches analytiques et la mise en place de pipelines reproductibles adaptés à ces nouvelles technologies de séquençage.

Missions

1. Prendre en main les données de séquençage et les outils bioinformatiques associés.
2. Mettre en place les étapes de contrôle qualité et de traitement des données, en tenant compte des particularités du cfDNA.
3. Explorer les approches permettant de distinguer les séquences d’origine humaine et microbienne, puis d’extraire et de caractériser les profils de méthylation.
4. Comparer les méthodes d’analyse et évaluer la robustesse des résultats, notamment à l’aide de données ou d’échantillons de référence lorsque disponibles.
5. Contribuer à la mise en place d’un pipeline reproductible, à l’interprétation des résultats et à leur valorisation scientifique.

Profil recherché

1. Étudiant(e) en Master 2 de bioinformatique ou discipline proche.
2. Bonne maîtrise de Python ; la pratique de R et des environnements Linux est un plus.
3. Connaissances en analyse de données de séquençage, un intérêt pour l’épigénétique est apprécié.
4. Intérêt pour le développement de méthodes bioinformatiques.
5. Qualités attendues : rigueur, autonomie, curiosité scientifique, capacité à travailler en équipe et à présenter clairement ses résultats à des publics variés.

Environnement / encadrement :

La personne recrutée rejoindra une équipe de recherche pluridisciplinaire (biologistes, médecins, data scientists, techniciens, …).

• Durée : 6 mois
• Lieu : LCR HCL – bioMérieux, Hôpital Édouard Herriot (Lyon) et bioMérieux Marcy-L’Étoile
• Début souhaité : 01/02/2027
• Encadrement : Florence ALLANTAZ/Maxime BODINIER